Организационная структура ГК «Трансбункер», как и система управления Группой, изначально выстроена по международной схеме. Организационная структура Группы постоянно совершенствуется, но является достаточно понятной и прозрачной как для государственных контролирующих органов, так и для финансовых институтов, контрагентов и партнеров по бизнесу.

Уже несколько лет финансовая отчетность Группы формируется исходя из строгих требований международных стандартов (МСФО). Внешний аудит деятельности, консалтинг компаний Группы осуществляется несколькими крупными Аудиторами, в числе которых - KPMG, входящая в «большую четверку» аудиторских компаний. Высокое качество услуг, оказываемых предприятиями Группы, подтверждено работающей Системой менеджмента качества, полностью отвечающей требованиям международного стандарта ISO 9001:2000, подтвержденного Сертификатом Одобрения Lloyd's Register Quality Assurance (Великобритания).

Структура управления группой с честью прошла испытание кризисом 2008-2009 годов. Группа не только сумела выстоять, не нарушив своих обязательств перед партнерами, но и полностью сохранить рабочие места, а также высокий уровень эффективности бизнеса и мотивации сотрудников.

ГК «Трансбункер» активно участвует в отраслевой и международной кооперации и сотрудничестве. Компании Группы являются членами IBIA (Международной Бункерной Ассоциации),

Ассоциации Морских и Речных Бункеровщиков России (Морречбункер), Ассоциации морских торговых портов России, Ассоциации «Инженерные изыскания в строительстве», Союза Проектировщиков России. Предприятия ГК «Трансбункер» состоят также членами нескольких торгово-промышленных палат, саморегулируемых и иных некоммерческих организаций. Ведется активная общественная деятельность по объединению участников профильных рынков, обеспечению понятных и равных для всех правил игры, решению наиболее актуальных профессиональных проблем, в том числе связанных с имиджем российских и украинских портов. Одной из главных решаемых задач компании Группы видят в формировании справедливых общих условий по упорядочению деятельности в сфере перевалки и перемещения нефтепродуктов, что выражается в работе по инициированию создания и совершенствования нормативной правовой базы в данной области, ведении постоянного диалога между бизнесом и властью.

Компании Группы постоянно принимают участие в международных и национальных экономических форумах, съездах, конференциях, совещаниях и советах, в том числе при правительственных органах регионального и федерального уровней. Это позволяет компаниям Группы постоянно быть в курсе всех новаций и тенденций современной экономики, эффективно планировать свою деятельность в краткосрочной и долгосрочной перспективе.